生物信息学在蛋白质工程中的实际应用介绍PPT课件下载

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GenBank存储的数据类型基因组DNA数据库 染色体、大片段DNA（BAC或YAC）、基因、序列标签位点（STS） cDNA数据库 表达序列标签（EST）蛋白质数据库 非冗余数据库（nonredundant database） GSS 基因组测序序列随机的“经过单次测序”的基因组测序序列；粘粒/BAC/YAC序列外显子定位的基因组序列 Alu聚合酶链反应序列 EST cDNA克隆的一部分序列（300-800bp）。 EST序列通常是随机选出cDNA克隆并对其中一条链进行快速测序。 UniGene 一个基因的数据库条目，包含了所有这个基因对应的EST。 参考序列（RefSeq） 给出了一个对应于基因或蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认的序列。 GenBank中对应于某个基因的索引号可能有上百个，但是对应于一个基因的RefSeq记录只有一个，或者在存在可变剪切的情况下对应不止一个。 EMBL是由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory)于1982年创建的，目前由欧洲生物信息学研究所负责管理。 DDBJ是DNA Data Base of Japan的简称，创建于1986年，由日本国家遗传学研究所负责管理。 MOTIF：短的相邻或相近的一组保守氨基酸序列。 PRINTS: 多个保守的序列模式，作为识别蛋白质家族的特征 BLOCKS：若干蛋白质序列中高度保守的序列片段，通常不含空位 Pfam和SMART 结构域：独立的结构、功能、折叠和进化单元 蛋白质家族：进化上相关的蛋白质，共享一个或多个结构域。 Pfam 同时收集了序列多重比对和蛋白质家族数据。 提供了：注释、种子比对、profile HMM、完全比对。 包含手工编辑、多重比对的PfamA和注释质量、程度更差的PfamB。 SMART 简单分子构架研究工具， 搜索所得的结构域具有更详尽的注释，包含功能类型、三维结构、分类信息等。 CDD 保守结构域数据库 NCBI的一个工具，允许基于序列或文本方式对Pfam和SMART进行查询。 可确定目标序列中的保守结构域 SCOP、CATH和Dali SCOP：基于一种分级分类系统，提供对蛋白质结构和进化关系的综合描述。 类、折叠子，超家族、家族、蛋白质结构域、单个PDB蛋白结构。 CATH：关于所有已知蛋白结构域的分类系统。 类、构架、拓扑、同源超家族。 Dali:对PDB中所有蛋白质结构进行综合比较后进行分类。可进行基于结构信息的序列比对。 超二级结构模体、折叠类型、功能家族、序列家族。 FSSP 基于蛋白质结构比对的折叠分类。 将PDB中大于30个残基的结构划分为一系列的“代表集合”，每一“代表集合”结构的序列相似性不大于25%，然后对每一代表集合内的折叠进行分类。实际上是折叠子列表。 Entrez Entrez 是整合的、基于文字的搜索和提取系统，包含NCBI中的主要数据库PubMed， 核酸和蛋白序列数据库、蛋白质结构数据库、基因组数据库、分类数据库以及其它。 如果两条序列有一个共同的祖先，那么它们是同源的 碱性、酸性、羟基化和疏水性类似的残基为相似残基 一致性表示相同残基的含量 相似百分比是相同和相似匹配之和 BLAST 局部比对搜索工具 用来确定一条查询序列和一个数据库中所有序列的匹配程度。 美国国家生物技术信息中心（NCBI）主要工作开发数据库 计算生物学研究 开发用于分析基因组数据的软件工具 发布生物医学信息 通过NCBI提取蛋白序列 EXPASY 蛋白质专家分析系统 获取蛋白质序列和相关数据 分析和处理通过ExPASy提取蛋白序列 PROSITE PFAM和SMART CDD PDB/MMDB CATH/SCOP DALI BLAST 多重比对工具ClustalW 蛋白质序列分析 Questions Does the structure of SRp20 resolved? PDB or NCBI/structure Why is the structure of the RS domain not resolved? NCBI/pubmed What are other information of SRp20? NCBI/Entrez or Expasy/UniProtKB What is the sequence of SRp20? NCBI/protein or Expasy/UniProtKB What are the sequence pattern and profile of SRp20? Expasy/Pattern and profile searches/Smart or InterPro Is there any homologue of SRp20 e.g. in Trypanosoma brucei? NCBI/blast What are the sequence pattern and profile of the protein? Expasy/Pattern and profile searches/Smart What are the primary sequence characteristics of the protein? Expasy/primary structure ananlysis/ProtParam What are the secondary structure characteristics of the protein? Expasy/secondary structure prediction/PSIpred What could be the tertiary structure of the protein? Expasy/tertiary structure prediction/SWISS-MODEL Assignment MCDSALTAQA NDLRIYQVMV ESFVNGDDAI GHGTGYGTSH HKGDLQGIID SLDYIESLGM NAIWLTPIFD SIPVEGQDHW ADRLDATGYF TSNYFAVDPR FGTMEQAKEL VEKAHEKGLY VFFDGVFGHH KDNVVPSPEG RLPVGENNPV SYPESLAFYQ EVATFWIEEL KIDGWRLDQA YQVPTEAWTA IRASVDEASK SVTYVNSEGE AVNPLGYMVA EIWNNENYIK ETGYGAEGEP ALCSAFDFPV RYRVVETFAA NENGIGNKGG KWLDEGMNLH RLYPSHAQPN LMLGNHDLVR FGDLLQRGNI ASPEQAEYWE RHKAALSFQA AYSGPITLYY GEEIGDELEG YAQKVEQDCA VQGLCDDHVA RTSANIDGLT VNLNEKQRDL KQYVSQLMTL RAAHPALSRG ERTNIVANET VYIDHKQADD DALIYMVSTT ADQDTVELKA SDIASDGQLV DLLTGKVHSA INGEYQISLA PFEAKFLLIE TPSASGLTKV ATVSAASSLI GEGFMAQCDN PTIEGDGPIG KTLYVVGDFA DASWKQKPHR AYRYVGENTY QAVVDEKAGA FRMQYASKDW SPQFTADGLE LTPGKTASLK RGGYGQDTAV TLPEAGQYVW SLKFTDSGDP EQIMVSKCP What is it? What is it's profile? What are the primary structure characteristics of the protein? What is the structure of the protein?WiV红软基地

生物信息学论文PPT素材：这是一个关于生物信息学论文PPT素材，主要介绍了生物信息学基本概念及发展历史、生物信息学主要研究内容、生物信息学当前的主要任务、GenBank数据库检索及其应用等内容。第五章 生物信息学 §1 生物信息学基本概念及发展历史 §2 生物信息学主要研究内容 §3 生物信息学当前的主要任务 §4GenBank数据库检索及其应用 ——Entrez检索功能 第一节 生物信息学基本概念及发展历史 概念（狭义）Bioinformatics (1)遗传信息的载体——DNA 遗传信息的载体主要是DNA 控制生物体性状的基因是一系列DNA片段 生物体生长发育的本质就是遗传信息的传递和表达 DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过程中传递遗传信息 (3) DNA分子和蛋白质分子 都含有进化信息 通过比较相似的蛋白质序列，如肌红蛋白和血红蛋白，可以发现由于基因复制而产生的分子进化证据。通过比较来自于不同种属的同源蛋白质，即直系同源蛋白质，可以分析蛋白质甚至种属之间的系统发生关系，推测它们共同的祖先蛋白质，欢迎点击下载生物信息学论文PPT素材哦。

生物信息学论文PPT模板：这是一个关于生物信息学论文PPT模板，主要介绍了引言、生物信息学发展的三个阶段、生物信息学的主要研究内容、生物信息学中的信息、生物信息学面临的8大挑战、基因变异使人类独具说话能力等内容。1 生物信息学引论 Gào Gāng 郜刚 gaogang20002000@126.com 13835702330 物质 能量 信息 生命活动三要素： 北京华大基因研究中心生物信息学平台 主要从事数据处理、软件开发、数据库建立与维护、项目研发、大型机管理、系统与网络维护等方面工作。其中数据处理和项目研发以计算机为工具，结合生物、数学、物理等多学科知识，对测序产生的原始数据进行处理和分析，获得传统生物学实验工作无法得到的结果。 1.1 引言 1.1.1 生物信息学概念 20世纪是科学技术迅速发展的世纪，物理和化学的发展使我们可以清楚地认识物质的组成，从分子、原子、电子等各层次上深入地了解微观世界，而天文技术、空间技术的发展则使得我们可以了解地球以外的客观世界，以电子信息技术为龙头的工业技术的飞速发展，使得我们可以不断地改造世界，甚至为人类更加舒适地生活创造新的世界。生命科学在20世纪同样也得到了发展，生理学、 细胞生物学、分子生物学等学科的发展使我们从器官、组织、细胞、生物大分子等各个层次认识了生命的物质基础。生物与其他物质有本质的区别，生物并非只是物质的简单堆积，生物体的生长发育是生命信息控制之下的复杂而有序的过程，欢迎点击下载生物信息学论文PPT模板哦。

生物信息学分析PPT课件：这是一个关于生物信息学分析PPT课件，主要介绍了引言、生物信息学及其发展历史、生物信息学基础、生物信息学主要研究内容、生物信息学当前的主要任务等内容。内容 生物信息学的应用–医学 新药物设计基因芯片疾病快速诊断流行病学研究：SARS 人类基因组计划寄生虫基因组计划 生物信息学？－－新兴的交叉学科 So, 生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 (美国人类基因组计划第一个五年总结报告，1995) 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对 各种生物信息的收集、加工、储存、分析、解释的一门学 科。收集、加工、储存：计算机科学家分析、解释：生物学家 20世纪50年代：生物信息学开始孕育 20世纪60年代：生物分子信息在概念上将计算生物学和 计算机科学联系起来 20世纪70年代：生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期：生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后：生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后：HGP促进生物信息学的迅速发展 生物信息学主要研究内容，欢迎点击下载生物信息学分析PPT课件哦。