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QDMR
- 软件类型：
- 国产软件
- 软件语言：
- 英文
- 软件大小：
- 1 MB
- 软件授权：
- 免费软件
- 软件评级：
- 4
- 更新时间：
- 2017-05-22
- 应用平台：
- WinXP, Win7, WinAll
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QDMR，这实际上是短期的定量差异甲基化区域(Methylated )建设成为一个定量的方法来量化的甲基化差异。
软件介绍
QDMR面向实验室用户和生物信息学研究者，分析高通量实验测定的各物种全基因组DNA甲基化数据，用于筛选各种生命状态（如发育过程、各种复杂疾病）之间的差异甲基化区域，并对其予以图形化展示。
软件特点
该软件能够处理来自于三大芯片公司Affy， Illumina和NimbleGen的全基因组甲基化芯片数据。同时软件系统可以将用户感兴趣的基因组区域在全基因组注释数据库EUCSC上进行全基因组的注释，且能够对差异甲基化区域相关的基因进行GO和KEGG功能注释。用户可以通过系统保存所有的差异甲基化区域、非甲基化区域及其功能注释等信息。还可以输出感兴趣的差异甲基化区域的图形。基于香农信息熵的算法可以在不同癌症样本间及癌症与正常组织间进行筛选和定量化差异甲基化区域。通过对当前的信息熵算法进行优化后，使之能够应用到甲基化差异的定量化研究中。该软件已经用于识别组织间差异甲基化区域，发现了一些新的功能性差异甲基化区域，同时该方法降低了假阳性率。在此基础上通过确定筛选癌症差异甲基化区域的阈值，从全基因组水平筛选癌症样本与正常样本间的差异甲基化区域，探讨癌症的发生机制，以及从不同癌症间筛差异甲基化区域，以揭示癌症的异质性。
相关介绍
甲基化是指从活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上将甲基催化转移到其他化合物的过程。可形成各种甲基化合物，或是对某些蛋白质或核酸等进行化学修饰形成甲基化产物。在生物系统内，甲基化是经酶催化的，这种甲基化涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及核糖核酸(RNA)加工。
软件截图
QDMR